حرارت مناسب و رطوبت کافی ماشین جوجه کشی محیط مناسبی برای رشد میکروب ها است. اگر در طی جوجه کشی مراعات کامل بهداشت نشود عوامل بیماری زا به آسانی رشد می کند و زندگی جنین داخل تخم مرغ را به مخاطره می اندازد. بعضی از بیماری ها مسری و خطرناک مانند پولوروم و عفونت برونش ها بر اثر عدم توجه به بهداشت ماشین بین جوجه ها اشاعه می یابد و سبب مرگ ومیر و تلفات فراوان آنها می گردد.

عفونت و آلودگی دستگاه جوجه کشی علاوه بر اینکه سبب نقصان و کاهش جوجه در آوری و تلفات جنین می شود. ممکن است به وسیله  جوجه های تولید شده محیط مرغداری را نیز آلوده نماید و خسارت زیادی به مرغدار وارد آورد.

قبل از شروع هر سری جوجه کشی باید وسائل و اطاق جوجه کشی به خوبی ضد عفونی گردد. ظروف و وسائل قابل شست و شو را می توان قبلاً با آب گرم کاملاً شست و سپس با مواد ضد عفونی آغشته نمود. محلول های مختلفی برای ضد عفونی وسائل جوجه کشی در بازار وجود دارد که هر مرغدار بسته به سلیقه خود می تواند یکی از آنها را انتخاب نماید. علاوه بر وسائل محوطه داخلی ماشین نیز باید به خوبی ضد عفونی گردد.

بهترین روش ضد عفونی داخل ماشین استفاده از بخار فرمل است. پس از این که وسائل و لوازم جوجه کشی به دقت شستشو داده شد و با مواد ضد عفونی آغشته گردید آنها را در داخل ماشین قرار می دهند و محوطه داخلی ماشین را ضد عفونی می نمایند. برای این عمل از بخار فرمل استفاده می شود. برای تولید بخار فرمل از ترکیب پرمنگنات دو پطاس و فرمالین 40 درصد تجارتی استفاده می شود. امروزه به جای ترکیب فرمالین و پرمنگنات از آجرهای سوزاندنی آماده استفاده می‌شود.

میزانی که برای هر متر مکعب فضای داخلی ماشین به کار می رود بسته به توصیه دانشمندان در هر کشور فرق می کند، به عقیده دانشمندان اسرائیلی بهترین مقدار برای هر متر مکعب به قرار زیر می باشد:

24 گرم پرمنگنات دو پطاس+ 48 سانتی متر مکعب فرمالین برای هر متر مکعب

در آلمان و انگلستان 35 گرم پرمنگنات دو پطاس و 53 سانتی متر مکعب فرمالین برای ضد عفونی کردن هر متر مکعب به کار می رود.

در آمریکا کمتر از این میزان توصیه می شود. این میزان بسته به آلودگی در کشور های مختلف فرق م یکند.

در این معمولاً 20 گرم پرمنگنات و 40 سانتی متر مکعب فرمالین تجارتی 40 درصد برای هر متر مکعب توصیه می شود. اگر آلودگی زیاد است این مقدار را تا دو برابر نیز می توان افزایش داد.

طرز عمل بدین قرار است که ابتدا حجم داخلی ماشین را محاسبه می کنند و مقدار لازم پرمنگنات را در ظرفی فلزی می ریزند. گنجایش ظرف باید حداقل چند برابر  پرمنگنات باشد. سپس فرمالین را به طور خالص و یا رقیق شده با آب هم حجم خود به آهستگی روی پرمنگنات می ریزند. پس از لحظه ای ترکیب حاصله تولید حرارت کرده و گاز فرمل با فشار از آن متصاعد می شود.

در این صورت باید ظرف را به سرعت در داخل ماشین قرار داد و تمام درها و پنجره های ماشین را به مدت 12 تا 24 ساعت مسدود نمود.

اگر حرارت و رطوبت ماشین مناسب باشد گاز بهتر اثر می کند و شانس از بین رفتن عوامل بیماری زا بیشتر است. در حرارت 38 درجه گاز فرمل قادر است به خوبی عامل بیماری پولوروز را  از بین ببرد.

بعد از 12 تا 24 ساعت در ماشین جوجه کشی را باز کرده و بخار فرمل را که دارای بوی بسیار زننده ای است خارج می کنند، سپس ماشین را گرم و تنظیم نموده و تخم مرغ ها را در داخل ماشین می چینند. در برخی از تشکیلات جوجه کشی علاوه بر ماشین تخم مرغ ها را قبل از خواباندن مدتی در حدود 20 دقیقه با بخار فرمل با همان فرمولی که ذکر شد ضد عفونی می کنند و سپس در ماشین می چینند.

در ماشین های بزرگ که اغلب سری های مختلف را به فاصله چند روز در ماشین قرار می دهند عملاً ضد عفونی کردن ماشین در طی کار امکان پذیر نیست از این رو به جای ضد عفونی کردن ماشین جوجه کشی تخم مرغ ها در مراحل مختلف ضد عفونی می کنند. بدین ترتیب که در ساعت 7 و روز های 7 و 14 تخم مرغ ها را در داخل ماشین ضد عفونی می کنند.

بعد از قرار دادن ظرف محتوی پرمنگنات و فرمالین باید فوراً تمام دریچه ها را مسدود کرد و مدتی در حدود 20 دقیقه تخم مرغ ها را در معرض بخار فرمل قرار داد. در این هنگام ممکن است حرارت ماشین بالا رود. به محض اینکه جیوه حرارت سنج شروع به بالا رفتن نمود دریچه ها را باز می کنند. چون بوی بخار فرمل ممکن است سبب ناراحتب شود برای زائل شدن در آن می توان از مایع آمونیاک (نصف مقداری که برای فرمالین به کار می رود) استفاده نمود، بخار آمونیاک بوی نامطبوع و شدید فرمالین را در دستگاه جوجه کشی از بین می برد.

در بعضی از کشورها مانند اسرائیل در قسمت هچر نیز از بخار فرمل استفاده می شود. مقدار فرمل و پرمنگنات نصف مقداری است که برای انکوباتور به کار می رود. این عمل هنگامی صورت می گیرد که جوجه ها هنوز مرطوب اند. بعد از هر بخور 8-10 دقیقه دریچه ها را می بندند. اگر پنجره ها مدت بیشتری بسته باشد ممکن است جوجه ها دچار خفگی شوند.

اگر غلظت گاز زیاد باشد ممکن است سبب ورم ملتحمه چشم در جوجه ها گردد. از این رو مقدار گاز و مدت باید کاملاً حساب شده باشد.

بخور دادن جوجه ها در هچر احتیاج به دقت فراوان دارد از این رو در بیشتر کشور ها مورد عمل قرار نمی گیرد و به بخور دادن تخم مرغ ها در داخل انکوباتور اکتفا می نمایند. امروزه بیشتر در هچر از قرار دادن مایع فرمالین در داخل ماشین و تبخیر آمن استفاده می شود.